แวร์เนอร์เริ่มเส้นทางการค้าแข้งตั้งแต่อายุยังน้อย โดยเข้าร่วมอะคาเดมี่เยาวชนของ VfB Stuttgart ซึ่งเป็นหนึ่งในสโมสรที่โดดเด่นในบ้านเกิดของเขา เขาได้รับความสนใจจากแมวมองอย่างรวดเร็วด้วยพรสวรรค์อันโดดเด่นของเขา และได้รับการเลื่อนชั้นขึ้นสู่ทีมชุดใหญ่เมื่ออายุ 17 ปี ในฤดูกาลเปิดตัวระหว่างปี 2013-2014 เขากลายเป็นผู้เล่นอายุน้อยที่สุดที่ทำประตูให้สตุ๊ตการ์ทในบุนเดสลีกา ผลงานของเขาดึงดูดความสนใจจากสโมสรชั้นนำทั่วยุโรป และในปี 2559 แวร์เนอร์ได้ย้ายไปร่วมทีมแอร์เบ ไลป์ซิก ซึ่งเป็นสโมสรที่กำลังเติบโตในวงการฟุตบอลเยอรมัน ที่ไลป์ซิกที่เขาเติบโตเป็นดาราอย่างแท้จริง ด้วยฝีเท้าที่เร็วปานสายฟ้าแลบและสัญชาตญาณนักล่าที่อยู่หน้าประตู แวร์เนอร์มักจะอยู่หลังตาข่าย ช่วยให้ไลป์ซิกคว้าตำแหน่งท็อปโฟร์หลายสมัยในบุนเดสลีกา และสร้างผลกระทบสำคัญในยูฟ่าแชมเปียนส์ลีก