เส้นทางฟุตบอลของ Bakayoko เริ่มต้นขึ้นในสถาบันการศึกษาเยาวชนของ Paris Saint-Germain (PSG) อย่างไรก็ตาม ที่สนามสต๊าด เรนเนส์ ซึ่งเขาเข้าร่วมในปี 2008 เขาเริ่มก้าวหน้าในการพัฒนาตัวเอง เขาสร้างความประทับใจให้กับผลงานของเขาในทีมเยาวชนของแรนส์และได้รับความสนใจจากหลายสโมสร ในปี 2014 บากาโยโก้เปิดตัวในอาชีพให้กับแรนส์ และแสดงศักยภาพของเขาในฐานะมิดฟิลด์ตัวรับที่มีพรสวรรค์

ในช่วงฤดูร้อนปี 2014 บากาโยโก้ย้ายไป AS Monaco ซึ่งเป็นจุดเปลี่ยนที่สำคัญในอาชีพของเขา เขาปรับตัวเข้ากับธรรมชาติของลีกเอิงได้อย่างรวดเร็ว และกลายเป็นคนสำคัญในตำแหน่งกองกลางของโมนาโก สภาพร่างกายของบากาโยโก้และทักษะการครองบอลที่ยอดเยี่ยมนั้นโดดเด่น และเขาก็สร้างความร่วมมือที่น่าเกรงขามกับกองกลางเพื่อนร่วมทีมอย่างฟาบินโญ่